扎塘寺的创建人是扎囊十二贤人中的扎巴恩协巴（1012——1090年）。据《青史》记载，扎巴恩协巴于王子年（宋真宗大中祥符五年，公年1012年）诞生，他和至尊玛尔巴是同年生人。此师少年时曾为欧区人牧羊五年，生起觉悟而在漾须师座前出家，起名协绕嘉哇（智胜），在师前听受毗奈耶约一年时间，继后在伯父香敦却坝座前听受他所知道的诸法。从伯父前刚一求得《夏温修法》，即获见本尊。此外对于一切法都略作听受即能知道而，成为殊胜的通达。他从耶区开始至约区方面修建了很多寺庙。伯父逝世后，他不乐意在山谷寺庙中住持寺座，而和纳地旅店的女店主同居，修筑新房，讲说许多“密续经释”，并建造胜乐金刚像如喜金刚像十万尊。从那里出有许多雅陇（地方）方面的弟于，并汇集了许多求学“密续经释”的学人。
他生起了大福泽，以此获得格西扎巴（富有的善知识）的名称。中间有一段时间他和当已桑杰及班抵达、达哇贡波（月估主）二师相会面，在当巴师座前供上许多黄金，当巴虽未饮受，但仍将息结派（十一世纪初，印度佛学家当巴桑杰入藏创息结派，以修行般若经义，断除一切苦恼生死涅盘命名的佛教派系）九种明灯法门教授传给他，达哇贡波也将《六支瑜伽教授》传赐予他，他依教授精修而获证大智。年届七十岁时岁次辛酉（公元1081年）为扎塘寺尊基，直到他年届七十九岁时被一弟子用筷穿其心而逝世时，寺庙大体完成下一些须作的工程，则由其侄郡协和郡楚二人于癸酉
（公元1093年）以前的三年中全部完成，总建此寺的时间计经十三年。
扎巴恩协已原为噶当派僧，后得当巴桑杰传授息结法要，遂自成一派称为扎巴派。扎塘寺原名“阿丹扎塘寺”，意为五有扎塘寺。五有是相对桑耶寺而言，即桑那寺不具有这些东西。所谓“五有”，一是扎塘寺主殿（即祖拉康）底层转经回廊的宽度，比桑耶寺的多一弓（宽0.9米）；二是中层转经回廊绘有千佛像壁画；三是底层象征龙王卓思坚，四是中层象征南工月杰钦；五是上层象征药王热互拉。由此看来，扎塘寺在建筑过程中，还是吸收了不少桑耶寺的建筑风格。
扎塘寺的建筑布局，是按照佛教密宗的曼荼罗（坛城）建造的。可惜在“十年浩劫”中大部分建筑被毁，现存主殿和残缺围墙。围墙原有内、中、外三重：内、中围墙呈多边方形，今已不存；外围墙呈椭圆形，周长tfly750米。围墙外还有壕沟一道，起防御功能。据史书记载：在多边形内围墙里，原有许多附属建筑，其中东面有僧舍、阳台、拉章；西面有卓玛拉康、顿库拉康；南面有贡布佛殿、登增佛殿；北面有观音佛殿。中围墙内有夏季诵经场、库房、伙房等墙内有夏季诵经场、库房、伙房等建筑。在外围墙有几季拉康和大塔。大塔原有的砖和琉璃瓦还有部分保存至今，这些砖瓦均无文字或刻画符号，但瓦当、滴水上的动物、花纹图案却具有很高的艺术价值。
主殿坐西朝东，平面呈不规则的“十”字形。原高三层，现仅存一层，其他两层在十年浩劫时被毁。主殿为石墙，整齐美观。主殿前面左右两墙角上部各镶有一尊半身木狮、龅牙咧嘴，雕刻细腻。寺外墙上还镶有石刻佛教图案和人物造像等。第一层主要由门廊、经堂、佛殿、回廊等组成。门廊有方柱2根，面积34.2平方米（南北长17.1米，东西宽2米）。壁画有四大天王及动物鹿、象等。门廊左右两边还各设有一小门，这种现象甚为少见。经堂大门宽3米，两扇大门上部各镶有2尊圆形铜象。经堂面阔5间进深6间，有柱20根，呈八棱形（14根）和方形（6根），均高3.9米，其中6根最高达6.7米。八棱形柱绘有马头金刚、文殊菩萨和莲花、卷草纹等图案；方形柱雕饰华丽，有莲花、宝珠、卷草纹、龙、狮等，富丽多姿。经堂内遍绘壁画：西面绘有金刚手菩萨、莲花生及扎巴·恩协巴等；南面绘有古如、阿哇土日、永达米玛、卓弥·释迦益西、尊者·查巴坚赞、查普巴、贡坚赞等；北面绘有索南尊姆班禅、衮嘎宁波、卓衮·却杰帕巴、阿旺土登等。天井周围的壁画主要是萨迦派著名的人物贡却杰布（1tfly234～1102）、贡嘎宁布（1092～1158）、索南孜摩（1142～1182）、扎巴坚赞（1147～1216）、贡噶坚赞（1182～1251）、八思巴（1235～1280）等的肖像，三人一组，姿态各异。经堂大门两边壁上绘有四大天王、无量寿佛、欢喜佛等，形象逼真。经堂左右两边还各有一间密室：左边密室面阔3间进深5间；右边密室已毁。
佛殿大门为三拱形木门，总宽6米，高5.8米。门扇中间装有铁丝编织网，下边木板上绘有菩萨、四大天王像，上边镶有三对铜狮。门楣之上有斗栱承托房顶。围绕佛殿有一周转经回廊，廊两壁满饰壁画，内容以释迦牟尼本生故事为主，千佛像次之，还有无量寿佛、供养人、观音菩萨、兽头四大天王、护法金刚、大胡子鱼、牛皮船等，尤以护法神像最有特色：红脸、长白须、绾髻，袒裸上身，腰间系短裙，并系一周人头，左弓右箭而立；左手持火团，并夹长柄法器，右手持人头骨并抱长柄法器；两足各踩一人，两人右仰左覆，右边的长法器还插入足下人的胸部。在护法神周围，还绘有羊头、狗头、猪头、狮头人身像及饿鬼等。
佛殿内主供一佛八弟子二天王塑像。释迦佛像高3.4米，佛座高1.4米，有桃形火焰纹头光和束腰式背光，背光最宽处达3米，其上涂有一层金粉。头光之上是鹏螺闲门，它由大鹏、法螺、摩羯鱼、宝莲、宝柱、宝瓶、菩萨等7种神化形象组成，造型古雅生动。大鹏展翅，嘴叨两条鱼尾；摩羯鱼盘绕伸向前方的宝莲横木上，下以宝瓶形短柱支撑，在摩羯鱼身上各骑一尊小菩萨。在头、背光周围，还有彩绘的大椭圆形火焰纹背光。八大随佛弟子位于主尊前方左右两边，均高3.5米。头光为桃形，高1.35米。周边为火焰纹，内为红、蓝、绿三道圆圈，再内又是一圈连珠纹带（黑白相间）。二天王像的背光为火焰纹，高4.1米，右为火焰纹稀疏，左边火焰纹稠密。
扎塘寺最珍贵的是佛殿内的壁画。根据题、内容、风格，可分为两期：第一期壁画位于殿内南、北、西三面墙壁，显得古老，当属建寺时绘制，其题材主要是释迦像（高约1米）和各种男女半身形象（高约0.5～0.7米），布局合理，色彩古旧，人物像间以花草为饰。南壁北端壁画：以释迦像为中心，左右两边是各种形象的男女半身像。释迦像面相方圆，大耳，高发髻，外着右袒式大衣，内着僧祗支，左肩下挂3条飘带；右手置胸前，左手置腿面，结论辩印，脚穿黑底花筒靴，结跏趺坐于仰覆莲座上；有椭圆形头光和背光。其左右两边有30尊男子汉女半身像（每边15尊：男像5冠，秃头，居上；女像10尊，戴高冠，居下），皆有椭圆形头光，面向主尊。
南壁西端壁画：以释迦像为中心，两边为半身男女像。释迦像有椭圆形头光、背光；高发髻，内着宽袖衫，袖口边饰花草纹，外着红色袈裟，袈裟边饰扇形花朵，左肩前挂有三条飘带；双手置胸前结转法轮印；脚穿黑底花筒靴，结跏趺坐于仰覆莲座上。左右两边有男女半身像38尊，皆有椭圆形头光和背光；男像居上，身着袈裟，个别的左肩挂一块红布；女像居下，着大翻领宽袖长裙；这些半身像皆呈跪拜状，动作各异：有的双手合掌于胸前，有的右手置胸前，食指与拇指相触，左手或持一物或置右肩前。在释迦像下方左右各有一尊蹲狮，张口吐舌，回首向内；在右边女像下方还有三尊较小的供养人，戴高冠，着翻领长裙，双手合掌于胸前，仰首面向上方主尊。
西壁南端壁画：释迦像居中，有椭圆形头光和背光；高发髻，面相方圆圆，大耳，眉间有白毫相；内着翻领宽袖衫，外着袈裟，双手结转法轮印，脚穿花筒靴，结跏趺坐于仰覆莲座上。其左右两边有男女半身像35尊：左边19尊，右边16尊。男像居上：左边8尊，右边11尊，为秃头或短发，多面向主尊，有八字胡、山羊胡、串脸胡等，具有回族、蒙古族或阿拉形象特征；皆内着宽袖衫，外披袈裟，双手合掌于胸前或手持笏板或单手置胸前。女像居下：左右两边各8尊，头戴高冠，垂发或披肩；面相方圆或瓜子脸、细眉，饰有耳环、项链；着大翻领宽袖长裙，个别有帔帛，腰系垂珠腰带；肤色有白、红、黄、棕、黑、绿、兰七种颜色。在释迦座下方各有一尊蹲狮，形象生动。在狮子下方还有4尊站立女供养人像。
西壁北端壁画：释迦像居中，有桃形头光和椭圆形背光；高发髻，著袒右肩袈裟，左手置于腿面，右手结触地印，跣足，结跏跌坐于仰覆莲座上。其左右两边有男女半身像或全身像31尊：男像19尊，居上；女像12尊，居下。男像内着宽袖衫，外披袈裟，秃头或短发，手势有的合掌，有的持笏板，有的单手置于胸前，面向主尊，有八字胡、山羊胡、串脸胡等，似乎代表许多不同的民族；女像戴高冠，垂发披肩，高发髻，具有印度风格。在释迦像莲座下对坐着两位女像：左边女像有椭圆形背光，袒裸上身，下穿横条纹短裙，饰有耳环、项链、璎珞、手镯、臂钏，腰系红窄带，左肩旁有一朵莲花（花上有一个葫芦宝瓶），双后置于胸前，跣足游戏坐于仰覆莲座上；右边女前沿戴三层五花高冠，袒露上身，下着短裙，饰有耳环、项链、璎珞、手镯、臂钏、脚钏，右膝部绕有红窄带，左右肩旁知有一朵莲花，双手置胸前结转法轮印，跣足游戏坐于仰覆莲座上。在两尊女像头顶部还各有一尊蹲狮，张口吐舌，前爪上攀，一副凶恶相。
北壁西端壁画：释迦像居中，有椭圆形头光和背光；高发髻，着右袒式大衣；右手伸出掌心向上，左手置腿面结论辩印，结跏趺坐于仰覆莲座上。其左右两边有男女半身像31尊：男像17尊，居上，身着袈裟，皆呈跪拜状；女像14尊，居下，着大翻领宽袖长裙。在主尊莲座下有两尊狮子。
北壁东端壁画：释迦像居中，有椭圆形头光和背光；面方圆，大耳，高发髻，外着右袒式大衣，内着僧祗支；右手置于胸前，左手结论辩印，结跏趺坐于仰覆莲座上。其左右两边有男女半身像35尊：男像居上，秃头，面向主尊；女像居下，戴高冠，皆有椭圆形头光。主尊莲座下有2尊狮子，其下还有4尊女供养人像。
第二期壁画位于南、北两壁的最东端。每面自上而下各有3尊无量寿佛像，高约1米，有椭圆形头光和背光；头戴五花宝冠，袒裸上身，下着长裙；有耳环、耳坠、项链、璎珞、手镯、臂钏、脚钏、帔帛为饰；手印有与愿印、禅定印、论辩印、触地印，结跏趺坐于仰莲座上。
扎塘寺是西藏较早的建筑之一，别具风格的壁画，除在同期的夏鲁寺残存外，其它地区还没有发现。这些珍贵的历史文物，对研究西藏早期的壁画、外来影响、服饰等有极高的参考价值。1996年11月20日，扎塘寺被列为全国重点文物保护单位。
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